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主要技术参数

数量

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▲药物设计与大分子模拟计算平台（进口）

1. ★软件是国际通用、技术成熟的商用软件，所有功能模块为原厂商开发并整合在统一的软件图形界面下使用。
2. ★软件为标准“客户端 - 服务器”结构，两端可同时支持Windows和Linux操作系统，所有模块都支持工作流技术。
3. ★所有模块能实现数据共享，同时能够在局域网上浮动运行。为保证全部软硬件系统的安全性、可维护性和保密性，所有模块在运行时只允许使用一个许可证加密文件。
4. 软件为永久使用权，首次安装须一次性提供大于80年的许可加密文件，自安装之日起提供为期壹年的软件免费升级。
5. 提供核心基础模块包DS Academic Standard Base，实现基本的分子结构显示、分子构建、结果分析、Perl编程、任务管理等工具，基于Pipeline　Pilot技术实现软件所有模块之间的无缝操作链接流程。核心基础模块包主要功能包括：
5.1. DS Standalone：可视化界面，服务器/客户端安装在同一台机器上，提供化学/生物学数据显示、模拟/分析、构建三维分子、展示动态变化、三维作图及许多其它功能。提供该模块1个使用许可。
5.2. ★DS CHARMm：来自Harvard大学Dr. Martin Kaplus的经典的分子力学和动力学模拟工具，要求商业版本且与上述可视化界面完美结合、通过DS Standalone可视化界面或者命令行两种方式提交并完成计算任务，包括基于CHARMm力场的柔性对接工具CDOCKER。提供该模块1个使用许可。
5.3. DS Biopolymer：蛋白质、肽类和核酸结构搭建、修改和分析的工具，包括著名的静电分布计算工具DelPhi以及基本的X-Ray工具。提供该模块1个使用许可。
5.4. DS Protein Refine：针对MODELER的模建结果，基于CHARMm进行蛋白质氨基酸侧链和loop区的优化，提高模建结果的合理性。提供该模块1个使用许可。
5.5. DS Analysis：动力学计算结果图形分析工具，能够分析和显示蛋白质、蛋白质与配体复合物的分子动力学轨迹文件。提供该模块1个使用许可。
5.6. DS Catalyst Score：化合物和药效团叠合并打分，为结构修饰和改造提供信息。提供该模块个使用许可。
5.7. DS Catalyst Conformation：多样、完全且快速的构想模型生成工具，可产生化合物的多构象模型，可选择采用Polling或CAESAR算法，也可采用系统搜索或随机方法生成构象。提供该模块1个使用许可。
5.8. DS QUANTUMm：QM/MM计算工具，结合CHARMm和DMol3的功能完成受体-配体结合能计算。提供该模块1个使用许可。
5.9. DS DMol3 Molecular：密度泛函量子力学计算工具，计算分子中与电子相关的描述符。提供该模块1个使用许可。
5.10. DS MMFF：Merck力场，来自于从头算和实验数据的第二类力场，专门为准确处理构象能和非键相互作用。提供该模块1个使用许可。
5.11. 药效团数据库，包含基于scPDB数据库中7028个复合物晶体结构构建的117423个药效团模型，并根据不同的靶标类型进行了分类，是目前市场上最大的受体-配体复合物药效团数据库。结合次数据库PharmaDB，Discovery Studio可以快速有效的进行反向找靶、天然产物（中草药）有效成分的确定及化合物的毒副作用评价。
6. 提供基于小分子的设计工具包DS Academic Standard Ligand Design，主要功能包括：
6.1. DS ADMET：提供通过化学结构预测吸收、分布、代谢、排泄（ADME）和毒理性质的计算模型，包括六个模型：Absorption, Solubility, Blood Brain Barrier, CYP2D6, Hepatotoxicity, and Plasma Binding. 提供该模块1个使用许可。
6.2. DS TOPKAT：化合物毒性预测工具，通过化合物的二维信息及高质量的QSAR模型，同时利用“最佳预测空间”评估验证技术，对各类有机化合物的毒理性质进行预测。提供该模块1个使用许可。
6.3. DS Catalyst DB Build：建立和管理Catalyst数据库，数据库中可以包括一维、二维、三维和形状属性。提供该模块1个使用许可。
6.4. DS Catalyst DB Search：利用一维、二维、三维和形状作为联合检索条件，搜索Catalyst数据库。提供该模块1个使用许可。
6.5. *DS Catalyst Hypothesis：自动的药效团产生工具，包括原Catalyst中三种生成药效团的方式：HypoGen (3D-QSAR Quantitative Pharmacophore), HipHop (Common Feature Pharmacophore), and HypoRefine (Excluded Volume from Inactives). 提供该模块1个使用许可。
6.6. DS Catalyst SBP基于受体结构反推与受体相作用的小分子的药效团。提供该模块1个使用许可。
6.7. DS Catalyst Shape基于分子形状产生药效团特征。提供该模块1个使用许可。
6.8. DS De Novo Ligand Builder基于药效团的片段生长药物设计方法。提供该模块1个使用许可。
6.9. ★DS QSAR Bundle定量构效关系研究工具，可以快速计算近千种的分子拓扑描述符、分子指纹等基本性质，并进行分析和统计建模。可使用贝叶斯模型、遗传算法、偏最小二乘法以及多元线形回归等多种统计方法。提供该模块1个使用许可。
6.10. DS Library Design虚拟组合库的设计和选择工具。提供该模块1个使用许可。
7. 提供基于受体结构的小分子设计工具包DS Academic Standard SBD，主要功能包括：
7.1.★DS CFF：ClassII力场，可优化DNA、RNA、糖类、脂质、蛋白、多肽及小分子模型的高级力场参数。提供该模块1个使用许可。
7.2. DS De Novo Evolution：基于Ludi产生全新的小分子或对已有母核进行侧基改造。提供该模块1个使用许可。
7.3. DS Flexible Docking：融合了蛋白侧链优化、Hotspot对接方法、配体多构象生成等多种方法，使用经典的CHARMm力场进行柔性对接的工具。提供该模块1个使用许可。
7.4. DS Libdock：将柔性配体快速对接到受体相互作用热区(Hotspot)的对接工具。提供该模块1个使用许可。
7.5. DS LigandFit：快速、灵活的分子对接程序，可以考虑配体结合取向、结合构象以及形状匹配等多种因素。提供该模块1个使用许可。
7.6. DS LigandScore：经过验证的打分函数和特定描述符，评价受体-配体间的相互作用，包括LigScore1, LigScore2, Piecewise Linear Potential (PLP), PLP1 and PLP2, Potential of Mean Force (PMF)和综合性打分等多种打分函数。提供该模块1个使用许可。
7.7. DS LUDI：基于受体结构的全新小分子设计工具。提供该模块1个使用许可。
7.8. DS MCSS：基于片断的小分子设计工具。提供该模块1个使用许可。
8. 提供蛋白质模建工具DS Academic Standard Protein，主要功能包括：
8.1. ★DS Modeler：经典快速的利用MODELER方法的自动同源蛋白建模工具，通过DS Standalone可视化界面调用。提供该模块1个使用许可。
8.2. DS Protein Families：家族序列分析、结构比对、进化踪迹分析的工具。提供该模块1个使用许可。
8.3. DS Protein Health：评价蛋白质一级结构和三维结构模型是否相容。提供该模块1个使用许可。
8.4. DS Sequence Analysis：生物信息学序列搜索、分析工具。提供该模块1个使用许可。
8.5. DS X-Ray：提供对X射线晶体学实验数据到结构构建和精修的全套工具和工作流程。提供该模块1个使用许可。
8.6. ★DS Protein Docking：基于ZDOCK和RDOCK的经典的蛋白-蛋白对接及优化的商用程序，通过DS Standalone可视化界面调用，快速而准确的预测蛋白-蛋白复合物结果，并可对结果进行聚类分析。提供该模块1个使用许可。

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